沉香是在沉香树生长的过程中形成的，而受伤是结香的必要条件。在自然界中，树木受伤本就是小概率事件，一旦沉香树受到风摧雨折、虫蚁蛀蚀等外力伤害，就会产生应激反应，分泌树液，这其中有起到“红血球”作用的营养因子，也有起到“白血球”作用的抗体因子，还少不了“血小板”作用的凝固因子，而营养和抗体这些成分本身就存在于树中，凝固物质则在树体中含量极少。

真菌感染是沉香树结香的关键环节。在结香过程中，各种因子相互作用，会产生大量代谢物，而这些物质是沉香树原本没有的芳香物，而这就是沉香香气的来源。不过尽管如此，这些芳香物质仍然只占量极少，仍不足以形成沉香，还需要感染持续扩散才行。也就是说，感染、反应、产生芳香物质、被凝结、再扩散感染的过程，周而复始，循环往复，在这种持续感染的过程中最终结出沉香。这也就不难理解为何结香时间越长的沉香，香气越丰富，品质也越好。

 虽然人们已经破解了沉香的结香过程之谜，但是沉香树能够无中生有的产生芳香物质，至今也只知道有黄绿墨尔真菌这一菌种的诱发感染作用，是否还有其他真菌参与结香，尚不明确。